يتميّز هذا المسجد بطرازه الشرقي الحديث، وقد خضع لعملية ترميم وتوسعة شاملة عام 1990، شملت إعادة تأهيل بنائه وتوسيع مساحته لاستيعاب أعداد أكبر من الزائرين، مع الحفاظ على قدسية الموقع الأصلي الذي يضم ضريح شخصية جليلة في التاريخ الإسلامي.
ويحتوي المسجد على ضريح السيدة رقية، التي تُنسب في الروايات الشيعية إلى الإمام الحسين بن علي بن أبي طالب، حفيد النبي محمد ﷺ. وتذكر هذه الروايات أنها توفيت في دمشق عام 681م، بعد أحداث واقعة كربلاء، وأصبح مقامها مقصدًا للزائرين من مختلف البلدان الإسلامية.
ويُعدّ المسجد اليوم من أبرز المعالم الدينية في دمشق، ويتميز بزخارفه الداخلية الغنية، ومراياه وأعماله الفنية الدقيقة، إضافة إلى قبته ومئذنته اللتين تعكسان الطابع المعماري المميز له.